Analyse von Mycobacterium-tuberculosis-Gesamtgenomdaten: Schritt für Schritt zum Resistenzprofil

DOI: https://doi.org/10.47184/td.2023.03.03

Die Resistenzbestimmung bei Bakterien-Stämmen aus dem Mycobacterium-tuberculosis-Komplex dauert mithilfe einer phänotypischen Resistenztestung aufgrund der langen Generationszeit der Erreger mehrere Wochen. Um Resistenzen zeitnah und zuverlässig zu bestimmen, empfiehlt die World Health Organization eine Genomsequenzierung. Im Folgenden werden die Schritte der Datenanalyse mit einem kostenlosen Software-Programm beschrieben.

Schlüsselwörter: NGS, MTBseq, Qualitätskontrolle, Mapping, Detektion, Annotation

Die Tuberkulose ist mit 10 Millionen neuen Fällen und 1,5 Millionen Toten pro Jahr noch immer ein weltweites Problem. Insbesondere der Anstieg von resistenten Tuberkulosen (etwa 500.000 in 2022) erschwert die Eindämmung und Kontrolle [1]. Der Nachweis von Resistenzen wird üblicherweise mithilfe der phänotypischen Antibiotika-Empfindlichkeitstestung (engl.: phenotypic drug susceptibility test; pDST, Abb. 1) durchgeführt, bei der das Wachstum der Erreger auf Antibiotika-angereicherten Nährböden geprüft wird.

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Autoren
Dr. Viola Dreyer
Dr. Thomas A. Kohl
Prof. Dr. Stefan Niemann
Molekulare und Experimentelle Mykobakteriologie, Forschungszentrum Borstel
Deutsches Zentrum für Infektionsforschung (DZIF), Borstel
Nationales und WHO Internationales Referenzlabor für Mykobakterien, Forschungszentrum Borstel
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