Wie vermisst man das Darmmikrobiom?

Aus dem Labor

Sequenz-basierte Analyseverfahren haben der Mikrobiomforschung in den letzten zwei Jahrzehnten zu einem eindrucksvollen Aufschwung verholfen. Hochdurchsatz-Sequenzierungen von amplifizierten Markergenen (16S-rRNA) und Gesamt-Isolaten von Nukleinsäuren (Metagenom) aus menschlichen und tierischen Proben haben umfangreiche Einblicke in die taxonomische und funktionelle Zusammensetzung des Darmmikrobioms geliefert. Gleichzeitig werden zunehmend die Limitierungen rein deskriptiver Verfahren deutlich, die einem besseren Verständnis mikrobieller Wirts-Interaktionen noch im Wege stehen. Im Folgenden sollen generelle Prinzipien verbreiteter Verfahren der Mikrobiomanalyse durch molekulare und Kultur-basierte Verfahren beschrieben und deren aktuelle Probleme und Chancen für die Zukunft erläutert werden.

Schlüsselwörter: Molekulare und kulturbasierte Verfahren, gezielte Charakterisierung und Profiling, Referenz­datenbanken, Standardisierung

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*Einige Inhalte sind aufgrund gesetzlicher Bestimmungen nach dem Heilmittelwerbegesetz (HWG) medizinischen Fachkreisen vorbehalten.

Autoren
Prof. Dr. Thomas Clavel
Institute of Medical Microbiology,
Functional Microbiome Research Group, RWTH Aachen University, AachenZIEL Institute for Food and Health, Technical University of Munich, Freising
Prof. Dr. Florian Fricke
Microbiome and Applied Bioinformatics, University of Hohenheim
Stuttgart
Prof. Dr. Dr. André Gessner,
Dr. Andreas Hiergeist
Institute of Clinical Microbiology and Hygiene, University Hospital Regensburg