Abb. 2: Multiplex-PCR zum Nachweis einer Genfusion mittels NGS
Der Nachweis kann auf DNA- (oben) oder RNA-Ebene (unten) erfolgen. Für die Präparation der Library werden Primer verwendet, die im 5´-Partnergen (blau) oder 3´-Partnergen (rot) binden. Nur wenn die entsprechende Genfusion vorliegt, kommt es zur Bildung eines PCR-Produkts, welches dann sequenziert werden kann.
Im Vergleich zum Nachweis auf DNA-Ebene werden beim Nachweis auf RNA-Ebene weniger Primer benötigt, da nur die Exone abgebildet werden müssen. Beim Nachweis auf DNA-Ebene müssen dagegen die viel größeren Intron-Bereiche abgedeckt werden (Abbildung nicht maßstabsgerecht). Die chimären Fusionsreads (blau-rot) können dann bioinformatisch detektiert werden.
(Bildquelle: Autor)